Akademia MKS Znicz Pruszków powstała z przeistoczenia się grup młodzieżowych MKS Znicz Pruszków w maju 2011 roku.

Jej celem jest szkolenie młodych graczy na najwyższym poziomie oraz wychowywanie ich na przyszłych zawodników I i II drużyny MKS Znicz Pruszków, a co za tym idzie kreowanie ich na piłkarzy pokroju Radosława Majewskiego, Arkadiusza Jędrycha, Tomasz Chałasa czy Adama Ratajczyka będących wychowankami pruszkowskiego Klubu. Akademia Piłkarska MKS Znicz Pruszków posiada dobrze wykwalifikowany sztab szkoleniowy, złożony z trenerów z wieloletnim doświadczeniem na polu pracy z młodzieżą oraz posiadającym doświadczenie zawodowej gry w piłkę nożną.